Komplexe Moleküle sind oft nur schwer vorstellbar und können mit den in Schulen vorhandenen Molekülbaukästen nicht in ausreichender Anzahl aufgebaut werden. Jmol lädt via Internet aus Moleküldatenbanken diese Strukturen herunter und stellt sie dar. Die Ansicht kann gedreht und gezoomt werden. Die angezeigten Bilder können in hoher Qualität exportiert und nachbearbeitet werden.
Es können jedoch keine eigenen Strukturen mit Jmol aufgebaut werden. Dies leistet das schwerer zu bedienende Programm Avogadro (http://avogadro.cc). Jmol benötigt eine installierte Java-Laufzeitumgebung (JRE).
Jmol ist ein intuitives, kleines Programm, das nach kurzer Einarbeitung auch für Schüler*innen geeignet ist. Durch die einfache Bedienung kann das Programm innerhalb einer Unterrichtsstunde problemlos mehrfach von den Schüler*innen genutzt werden.